Здание Одесского музея Морского флота построено в 1842 г. архитектором Торичелли.
Музей пострадал в результате пожара 29 апреля 2005 г. Тогда сгорела крыша и перекрытия на площади около 1200 кв. м.. Основные восстановительные работы было намечено провести до осени 2007 года, однако затянулись они до нашего времени.
На данный момент восстановлена кровля, перекрытия и фасад, а также усилена конструкция здания.
Что в дальнейшем будет находиться в восстановленном помещении еще неизвестно. Экспозицию музея восстановить фактически невозможно, поскольку она уничтожена пожаром, а документации на экспонаты нет.